相比于绝大部分配置脱硫脱硝除尘等治理设施的大型火电机组，为数众多的中小锅炉和工业窑炉算是裸机运行。环保设施不到位是燃煤锅炉最为严重的问题之一。相关调查显示，10吨/时以下的燃煤工业锅炉大多没有配置有效的除尘装置，基本没有脱硫脱硝设施，排放超标严重。而且由于污染源过于分散，环境监管难度大，偷排等环境违法现象突出。
此次《燃煤锅炉节能环保综合提升工程实施方案》将提升燃煤锅炉末端治理水平提上了重要位置。其中规定，新生产和安装使用的20吨/时及以上燃煤锅炉应安装高效脱硫和高效除尘设施；在用的10吨/时及以上的燃煤锅炉要开展烟气高效脱硫、除尘改造，积极开展低氮燃烧技术改造示范，实现全面达标排放。
达标排放要适用的正是今年生效的《锅炉大气污染物排放标准》，其对主要污染物排放限值均大幅度收紧。而对于大气污染防治重点控制区域的燃煤锅炉，则要求更高，需执行特别排放限值要求。
对此，科行环保集团总经理陈学功评价说，这标志着政策层对中小锅炉和工业窑炉污染治理的重视，势必会带来脱硫脱硝除尘市场规模的进一步释放，建设、改造量都很大。
他说，此前相当长一段时间，中小锅炉和工业窑炉是环境监管的盲区。随着国家对中小锅炉和工业窑炉排放提出要求，加强监管，脱硫脱硝除尘市场将向中小锅炉和工业窑炉行业扩展。市场将会很乐观。但陈学功也有担忧，由于在中小锅炉和工业窑炉治污设施建设还存在技术规范、监管要求的不规范，恐怕会延续在电力行业治污设施建设初期的混乱和重复建设。
他说，十一五期间，我国将大气治理的重点放在了火电行业，短时间内上马大量的脱硫设施。但是由于时间紧、任务重，相关治理工程的验收标准、技术规范还不完善，较低的门槛导致脱硫行业鱼目混珠，相当数量的工程设备质量较差。
火电行业原有脱硫设施正在进行大规模的增容改造，这一部分市场需求很大，将会一直延续到‘十三五’初期。陈学功说，这对于治理行业是商机，但背后却是重复投资建设、治理效果无法保障的问题。如果在工业锅炉改造过程中，工程技术规范等跟不上，这样的风险依然存在。
对于《燃煤锅炉节能环保综合提升工程实施方案》中提升中小锅炉和工业窑炉治理水平的要求，陈学功有着第二重担忧：火电机组脱硫脱硝除尘都有电价补贴，但中小锅炉和工业窑炉治理污染增加的建设运营成本，只能由企业自己承担，这是不合理的，很可能会造成‘上有政策下有对策’的现象。
他解释说，企业为节省治污成本，可能选择粗制滥造的设备工程，也可能会建成后时开时停甚至不运行。即使安装在线监测，也有极大的虚假数据。对此，陈学功呼吁，尽快完善中小锅炉和工业窑炉治理保障性措施，特别是经济政策，对切实治污的项目、企业进行补贴。